En medio de la realización de auditorías a las universidades nacionales, la UBA elevó una consulta al Colegio de Abogados de la Ciudad de Buenos Aires para conocer si las auditorías de la Sindicatura General de la Nación (SIGEN) son legales. El organismo respondió que se trata de una avanzada "inconstitucional" que viola la autonomía universitaria, establecida por ley.
La auditoría a las universidades "agrede al sistema republicano" según el Colegio Público de Abogados de la Ciudad. La UBA informó que "el organismo dictaminó que no, argumentando que la autonomía universitaria está consagrada constitucionalmente y que existen otros órganos encargados de esos controles".
La autonomía universitaria es una "garantía institucional reconocida en la Constitución Nacional que impide que las Universidades Nacionales sean intervenidas por el presidente de la República, bajo pena de agredir al sistema republicano".

Además, el Colegio Público de Abogados informó que "la Sindicatura General de la Nación es un órgano que no posee jerarquía constitucional, ya que depende del presidente de la República y por lo tanto solo tiene competencia en el control interno de las jurisdicciones que componen el Poder Ejecutivo Nacional".
Del mismo modo, en el comunicado el cuerpo de abogados explicitó que las universidades nacionales sí dependen del control del Estado, pero que este control debe realizarse a través de los organismos constitucionalmente habilitados.
Según la Ley de Educación Superior, las universidades nacionales deben ser controladas por la Auditoría General de la Nación (AGN), que depende del Congreso de la Nación, y, a su vez, contar con mecanismos de auditoría interna, conocidos como Unidades de Auditoría Interna (UAI), creados para garantizar su autonomía. El Presidente insiste en que el control lo realice la Sindicatura General de la Nación (SIGEN), que depende del Presidente.
Desde la UBA rechazan la intención del presidente de que la audite un organismo que dependa de él. Cuando, en octubre, la SIGEN notificó a la UBA sobre la auditoría que quería realizar, la institución le respondió que no posee autorización para hacerlo.
El Gobierno, para avanzar en las auditorías universitarias a través de la SIGEN, se basa en la Ley de Administración Financiera N° 24.156, pero la normativa dice que la SIGEN puede controlar a las jurisdicciones que componen el Poder Ejecutivo Nacional y los organismos descentralizados y empresas y sociedades del Estado que dependan del mismo.